La chiesa di San Francesco a Vetralla è uno dei monumenti più rilevanti del viterbese. E’ situata sulla via Francigena, alla confluenza con l’attuale Aurelia bis che conduce a Tarquinia. Fu edificata sui resti di un tempio paleocristiano del IX secolo denominato Santa Maria in valle Cajano. La prima fase costruttiva riguarda probabilmente un settore dell’attuale cripta e potrebbe risalire all’XI secolo, di sicuro che il successivo ampliamento della cripta e la costruzione della basilica superiore così come la vediamo oggi porta il suo coronamento nelle date del papato di Clemente III (1187 – 91), in cui fu consacrato l’altare maggiore e il 1207 in cui si ebbe la visita di Innocenzo III che probabilmente assistette al completamento dei lavori. La chiesa fu dedicata a San Francesco nei primi anni del XV secolo. La cripta è stata ricavata nel masso tufaceo e presenta una disposizione su pianta trapezoidale con tre absidi e due scale che ne consentono l'accesso dalle navate laterali della chiesa superiore. Vi si contano ventisette colonne, alcune incassate nelle pareti del perimetro ed in gran parte di reimpiego come molti dei capitelli. L’interno della chiesa superiore, che presenta molte analogie con S. Maria Nuova di Viterbo, è a tre navate e tre absidi con due file di 6 colonne e capitelli scolpiti con temi vegetali. Notevole e ben conservato risulta il pavimento cosmatesco. Nella navata destra si trovano affreschi della seconda metà del sec. XV, pregevole una S. Orsola con le undicimila vergini, con evidente influsso dell'arte di Benozzo Gozzoli. Nel presbiterio, a destra c’è il pregevole sarcofago di Briobris, figlio naturale di Giovanni Di Vico (m. nel 1353), opera dei primi anni del '400, di Paolo da Gualdo Cattaneo detto Paolo Romano. La facciata, anch’essa molo simile alla chiesa di Viterbo, è molto semplice e presenta un doppio spiovente e un solo portale a doppio rincasso con un archivolto liscio in marmo che risalta sul fondo della muratura. Il campanile si affianca al lato destro della chiesa a livello delle absidi ed ha una semplice struttura. Una cornice delimita la cella campanaria aperta da un ordine di bifore. La struttura interna ha subito numerosi rimaneggiamenti il più invadente dei quali è stato nel 1612 per opera del Padre Maestro Bona ventura Onofri, il quale fece costruire grandi altaroni barocchi di stucco, chiuse le finestre laterali, decorò la navata maggiore di pitture, facendo malamente restaurare le antiche. Anche nell'abside centrale fu elevato un grande altare che la ostruiva completamente. Forse allora fu chiusa anche la cripta trasformandola in sepolcreto. Nel 1894 fu eseguito l’ultimo intervento di rilievo che ha restituito gran parte dell’apparato romanico e la riapertura della cripta, anche se, nell’opera di ripulitura della medesima, andarono perduti gran parte degli affreschi che la decoravano.